Nel loro complesso, forme e strutture danno consistenza a un edificio di netto impianto gotico.
La navata maggiore è larga mt. 9,90 (da centro colonna); il diametro delle colonne è di un metro. Anche il pavimento, a marmi policromi, è quello originale. Lo storico Bongianni Gratarolo, nella "Historia della Riviera di Salò" (Brescia, 1599), ne fa una ammirata descrizione: "Il suolo è lastregato di pietre polite, e piane di varij colori nere. La navata maggiore del Duomo è alta mt. 22, le minori mt. 14. La lunghezza della chiesa, dalla soglia del presbiterio, è di mt. 45; il presbiterio e l'abside (nella struttura attuale) misurano complessivamente mt. 16,80. bianche, bigie, rosse, azzurre e macchiate; le forme sono ancora diverse; non pur come quelle del nobile Geometra del Petrarca, "Di triangoli, e tondi e forme quadre", ma appresso di mandorlato, di duo triangoli, di sestili, di ottangoli e di altre distinte in opera, a parte et commesse con certi ordini, che fanno bellissimo vedere".
L'immissione della luce in uno spazio così calibrato era in origine assicurata da un ordine di finestre ogivali aperte sulle pareti delle navate minori. Tali aperture erano sormontate da un secondo ordine di finestre meno ampie, aperte al sommo della navata maggiore.

Questo primitivo dosaggio di luce venne a mancare a causa delle trasformazioni imposte da San Carlo, nel sec. XVI, allorquando vennero aperte le cappelle laterali. Le grandi finestre sul fianco a monte (lato aquilonare) vennero completamente murate, mentre quelle sul fianco verso il lago vennero trasformate.

Nella navata meridionale spiccano le cornici di gusto lombardo di due finestre: una con formelle a fioroni e con una figura di profeta al sommo dell'ogiva; l'altra con due figure maschili (un giovane armato e uno in veste da caccia) inserite in motivi a candelabro.
Dal lato meridionale della chiesa, a lago, risulta ben visibile l'articolazione architettonica dell'edificio, con l'alta navata centrale, finestrata, a muratura mista, contrastante con i perimetrali in laterizio, e la cupola sul tiburio circolare. A proposito di materiale laterizio, narrano le cronache che i costruttori avessero aperto addirittura una fornace in quel di Portese e che una flotta di barche a remi garantisse il rifornimento del grande cantiere.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica accompagnata da sei cappelle laterali e presbiterio a pianta rettangolare culminante absidato. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura, a volte a botte nella navata e nelle cappelle, a volte a botte e a semi cupola nel presbiterio.

Il presbiterio presenta l'altare maggiore nella sua posizione originaria. Sono stati aggiunti, nel 1996, mensa eucaristica rivolta verso l'aula e ambone, entrambi marmorei.

Sempe nel 1996 il fonte battesimale è stato spostato nella terza cappella laterale destra (Sacro Cuore) con demolizione dell’altare e dei gradini.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica accompagnata da quattro cappelle laterali (dedicate a San Giuseppe, Sacro Cuore di Gesù, Madonna e Santa Croce) e presbiterio a pianta rettangolare culminante absidato. Lo spazio è scandito da lesene composite e da cornicione leggermente aggettante che segna il punto di innesto delle strutture di copertura, a volte a botte nella navata e nelle cappelle, volte a botte e a semi cupola nella zona presbiterale.
Il presbiterio presenta l'altare maggiore nella sua posizione originaria. All'inizio degli anni '70 del XX sec. sono stati aggiunti la mensa eucaristica rivolta verso l'aula e l'ambone, entrambi lignei.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica culminante nel presbiterio absidato. Lo spazio è scandito da lesene composite. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura. Nella controfacciata si trova il soppalco accessibile tramite scale poste sul fianco nord dell'edificio.
L’interno presenta affreschi del pittore e decoratore salodiano otto-novecentesco Ottorino Benedini: alla base della cupola si riscontrano le figure di Santa Teresa del Bambino Gesù e di Santa Elisabetta di Ungheria. Ai quattro lati della navata, si trova la raffigurazione degli Evangelisti e, ai lati, figure di angeli e santi. Sull'altare è collocata una statua della Madonna del Carmine.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica culminante nel presbiterio absidato. Sul lato ovest è stato ricavato un altare dedicato alla Madonna di Lourdes. Un cornicione dentato, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura, a volte a botte nell'aula, a cupola lunettata nella zona presbiterale.

Il presbiterio presenta l'altare maggiore nella sua posizione originaria con la mensa eucaristica è rivolta verso lo stesso. E' stato aggiunto, in data non precisata, un leggio metallico.

Il presbiterio e le pareti sono abbellite da quadri di artisti d'ambito lombardo. Le tele rappresentano episodi della vita del Santo Patrono.

L’edificio è strutturato su una campata e dotato di tre altari di notevole interesse artistico. Il maggiore è dominato dalla pala rappresentante la “Visitazione”, opera del bolognese Marcantonio Franceschini (1648–1729), ispirata ai princìpi dell’Arcadia, offerta alla chiesa di Salò dalla contessa Ippolita Guidotti Leoni, amica di madre Castiglioni, prima superiora del monastero. L’artista era stato avvicinato dalla contessa in virtù delle opere importanti che aveva realizzato per la sala del gran consiglio nel palazzo ducale di Genova e per i cartoni preparatori dei mosaici destinati alla cappella del coro di S. Pietro, in Vaticano.

All’altare maggiore si accede tramite una gradinata tardo barocca, in marmo di Botticino, completa di balaustra, opera di Giuseppe Cantone (Rezzato 1660 – Brescia 1718). Del Cantone è anche l’altare maggiore impreziosito da intarsi marmorei dai rari effetti naturalistici, secondo l’impostazione del commesso fiorentino dei Corbarelli.

L’ancona dell’altare maggiore è realizzata dal nipote del Cantone, Giovanni Antonio Biasio (Brescia 1677–1754), subentrato nella bottega alla morte dello zio. Il Biasio dimostra di saper accostare armonicamente una varietà di marmi e di cromie (Bianco di Botticino per i cornicioni, mischio di Francia per le colonne, Nero di Tavernola Bergamasca per i basamenti, Bianco di Arco per i putti e per le statue della Fede e della Carità, Giallo veronese per i cartigli) con l’intento di esaltare il dominante gusto rococò. Lo stesso gusto si manifesta nella struttura espositiva di reliquiari e ostensori, collocata sull’altare maggiore, progettata nel 1716.

Le volte del presbiterio (Gloria della Trinità circondata da un coro di angeli) e della navata (San Francesco di Sales sospinto in paradiso, circondato da angeli musicanti), sono state dipinte dal bresciano Giovanni Antonio Cappello (1669-1741). Dello stesso autore sono i quattro pennacchi nel soffitto del presbiterio, che raffigurano S. Ambrogio, Sa Girolamo, S. Agostino e S. Gregorio Magno.

Sulle pareti della chiesa, a metà navata, si fronteggiano due altari collocati entro cappelle laterali (entrambe le ancone sono realizzate in marmo di Brentonico). L’altare di destra ha una pala rappresentante S. Francesco di Sales, il cui autore non è possibile accertare per mancanza di documentazione archivistica. Si sa solo che la pala fu donata al monastero dalla già citata contessa bolognese Ippolita Leoni nel 1718.

Nell’altare di sinistra, invece, campeggia una pala rappresentante San Giuseppe col Bambino ed ai piedi, genuflessa, la baronessa Giovanna di Chantal, opera di Girolamo Donini (Correggio1681- Bologna 1743).

Due dipinti ad olio, in onore del Sacro Cuore (autore Ubaldo Gandolfi, Bologna 1728-1781) e di Santa Margherita Maria Alacoque (autore anonimo) sono collocati in prossimità della gradinata d’accesso al presbiterio, attestando in tal modo la particolare devozione delle monache nei loro confronti.

Sopra l’ingresso principale, collocato in cantoria e chiuso in cassa monumentale barocca, con ai lati colonne tortili sormontate da angeli portanti una cimasa, è collocato un organo di 26 registri, a due tastiere (1715), dotato di due corpi sonori di cui il secondario era posto alle spalle dell’organista per ottenere  effetti sonori di stampo puramente settecentesco e di impronta barocca. L’organo è a campata unica, con cuspide centrale e ali laterali ascendenti. Il progetto originale è di Giuseppe Bonatti da Desenzano (1668-1752).

Ai quattro angoli della chiesa (due all’ingresso e due in prossimità del presbiterio) quattro statue, in marmo di Botticino, rappresentano gli evangelisti. Il loro autore è Antonio Calegari (Brescia 1699-1755), l’esponente cioè di maggior spicco di quella famiglia che lasciò in Brescia e nell’Italia settentrionale le testimonianze più significative del barocco apprese alla scuola romana.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo, è a navata unica accompagnata da cappelle laterali e culminante nel presbiterio. Lo spazio è scandito da lesene composite. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura.

Sull'altare maggiore si trova la pala della Decollazione, opera del pittore Zenon Veronese. Nell'ancona, la scena raffigurata si svolge all'interno di una struttura classicheggiante, ad arco e loggiato, che ricorda l'interno di un arco trionfale, parzialmente chiuso in fondo da un'abside semicircolare mancante del catino, oltre la quale si scorge un paesaggio montano. Il nucleo centrale è costituito da Salomè che, ricevuta la testa del profeta, la mostra al re Erode Antipa, posto su un piedistallo marmoreo, sotto un baldacchino. Sulla sinistra, dietro una colonna appare il corpo decapitato di San Giovanni inginocchiato davanti al carnefice. Sotto la tela di Zenon Veronese,vi è un affresco coronato da una ricca cornice che rappresenta la Madonna delle Grazie.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica accompagnata da due cappelle laterali mentre il presbiterio è a pianta rettangolare e si prolunga in un'abside semicircolare. Lo spazio è scandito da lesene composite. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura, a volte a botte ritmata da membrature nella navata, nelle cappelle e nel presbiterio, a semi cupola nella zona absidale.

L'aula presenta due cappelle di ridotta profondità: sull'altare della cappella di sinistra si trova una statua lignea, di fattura settecentesca, raffigurante l'Immacolata Concezione, posta entro una cornice - baldacchino intagliata di gusto rococò; la cappella di destra presenta una statua in gesso, di fattura novecentesca, raffigurante San Giuseppe. Entrambi gli altari presentano stucchi a finto marmo.

Il fedele, entrando, è attratto dalla scena principale costituita dall’altare e dalla raffigurazione della Sacra Famiglia. La mensa eucaristica, in legno d’ulivo, rappresenta un banco da falegname, completo di una morsa a forma di croce. Il legno predomina anche negli altri arredi ornamentali, come i leggii e l’acquasantiera. Fino agli anni ’70, il presbiterio era delimitato da una balaustrata, abbellita da piatti, brocche e posate di legno orientaleggianti. Il presbiterio si presenta come un interno abitativo. Sul lato destro è ricavata una finestrella utilizzata come mensola per i fiori o per appoggiarvi utensili liturgici. La pala collocata sullo sfondo, opera di Cornelio Torelli, di ceramica colorata al rustico, rappresenta la Sacra Famiglia con San Giuseppe, impegnato nell’attività di carpentiere e Maria Vergine. Il Bambino è ai loro piedi. L’ambone collocato a destra dell’altare è formato da nove formelle in ceramica colorata, con figure stilizzate. Alle spalle è stato riproposto un muro in pietra simile a quello della facciata, con alcune formelle in rame raffiguranti una colomba con sette fiammelle a simboleggiare lo Spirito Santo.

Al momento della consacrazione della chiesa, il pavimento era costituito da un semplice battuto di cemento. Le attuali piastrelle sono state collocate in epoca successiva, a contorno di un’area pavimentata in legno. Sul finire degli anni ’60 il tabernacolo, in forma di cesto di pane con grappolo d’uva, pregevole opera di Eligio Tonoli e Giovanni Peduzzi, trovò sistemazione su una mensola di granito lucido, contornata da due lastre di pietra rosata grezza. Nella parete di sinistra, in basso poco dopo l’ingresso, è murata la “prima pietra” con l’iscrizione della data (19 marzo 1962) tale pietra, di botticino, contiene letterine scritte dai bambini per la circostanza. Fino al 2002, il richiamo alle funzioni è stato diffuso da un altoparlante collocato sul tetto. Nell’anno successivo è stato costruito un campanile alto circa 15 metri, sufficiente ad ospitare un concerto di 5 campane. La nuova struttura, realizzata con il contributo degli abitanti del villaggio San Giuseppe, venne inaugurata il 13 ottobre dello stesso anno dall’Arcivescovo emerito di Brescia Mons. Bruno Foresti.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo, è a navata unica. Lo spazio è scandito da lesene composite. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto della volta a botte di copertura.
La chiesa presenta tre altari: sulla parete dell’altare maggiore si trova la statua della Madonna della Cintura; sull’altare di destra è collocata la pala di San Benedetto da Norcia, opera di Sante Cattaneo; la pala dell’altare di sinistra rappresenta una crocifissione.
Il presbiterio presenta l'altare maggiore nella sua posizione originaria. E' stata aggiunta, nel 2008, una mensa eucaristica marmorea rivolta verso l'aula.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica culminante nel presbiterio. Lo spazio è scandito da lesene composite. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura.
L’unico altare, ricco di marmi policromi, è impreziosito da un dipinto rappresentante la Madonna, attorniata da San Rocco e da San Sebastiano.
La cupola soprastante l'aula venne affrescata negli anni ’30 del XX sec., dal pittore e decoratore salodiano Ottorino Benedini. Al centro della cupola si trova la raffigurazione della Vergine e, nei pennacchi, dei quattro Evangelisti.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica, composta da tre campate, e presbiterio a pianta rettangolare. Lo spazio è scandito da lesene stilizzate. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura.

Il presbiterio presenta l'altare e le balaustre nella loro posizione originaria. Sono stati aggiunti, nel 1996, mensa eucaristica rivolta verso l'aula e ambone, entrambi lignei.

L'interno, avente superfici ornate a rilievo e pitture murali, è a navata unica culminante nel presbiterio a pianta rettangolare. Lo spazio è scandito da lesene composite. Un cornicione, leggermente aggettante, segna il punto di innesto delle strutture di copertura, a volte a vela nella navata, a volta a botte nel presbiterio.
Il presbiterio presenta l'altare maggiore nella sua posizione originaria. Sono stati aggiunti, probabilmente all'inizio degli anni '70 del XX sec., mensa eucaristica rivolta verso l'aula e ambone, entrambi lignei.

L’interno presenta affreschi eseguiti, per la maggior parte, fra l’inizio ed il terzo decennio del XVI sec., come attestano le date riportate sulla cornice. Sul fianco sinistro della prima campata un affresco frammentario datato 1541 riporta la figura dei Santi Rocco, Stefano e Antonio di Padova (?), imberbe e reggente il Figlio. Accanto è visibile la raffigurazione “Adorazione del Bambino con pastori”, eseguita negli anni dieci del Cinquecento, come si intuisce dall'iscrizione parzialmente cancellata. Segue poi una seconda Madonna in trono con Bambino, anch'essa di fattura cinquecentesca.

L'interno è a navata unica culminante nel presbiterio a pianta rettangolare. Un finto cornicione segna il punto di innesto della volta a botte a copertura dell'aula e della zona presbiterale.
La chiesa si presenta sobria nelle decorazioni. La cornice del frontone racchiude una raffigurazione della Madonna con il Bambino. Sotto il coronamento si legge la seguente scritta: "SUB TUUM PRAESIDIUM CONFUGIMUS". L'aula e il presbiterio presentano copertura a volta a botte decorata con pitture murali.

L'altare maggiore si trova addossato alla parete absidale. Vi si accede tramite due gradini. La mensa è sorretta da un paliotto policromo, avente al centro i simboli della crocifissione. La pala è racchiusa in un elegante ancona dorata, con due caratteristiche colonne brune recanti, attorcigliati, motivi vegetali. Nel mezzo della mensa si trova il tabernacolo in legno, con la porticina sulla quale è raffigurata una scena della deposizione di Gesù tra le braccia della Madonna. Sormonta l'architrave dell'ancona una scultura rappresentante Dio Padre a braccia aperte.

L'interno è a navata unica, accompagnata da cappelle laterali, culminante nel presbiterio a pianta rettangolare. Lo spazio è scandito da lesene stilizzate. Le strutture di copertura sono costituite da volte a crociera nella navata e volte a botte decorate nelle cappelle e nella zona presbiterale.